生命が普段使っている64種類の遺伝暗号（コドン）から、まずは限られた領域の中で特定のコドンを削除し、その影響を確かめたのです。

具体的には大腸菌のゲノム（全遺伝情報）から、まずは「セリン」というアミノ酸を指定するコドンのうちの一部と、「アラニン」という別のアミノ酸を指定するコドンの一部、そしてタンパク質の「終止」を指示する特定のコドン（TAGというコドン）の合計7種類を削除し、残る別のコドンで書き換えられるかテストしました。

しかし、実際に生きた細菌のDNAからこれらのコドンを削除するのは簡単ではありませんでした。

というのも、生物のDNAは緻密に設計された建物のようなもので、重要な部分を不用意に取り除くと建物が壊れる可能性があるからです。

そこで研究チームは、いきなり全ゲノムを一度に変更するのではなく、まずはゲノムをいくつかの小さな領域に分け、各領域ごとに設計した通りのコドンの置き換えがうまくいくかを丁寧に検証しました。

その結果、確かにほとんどの領域では計画通りコドンの置き換えが可能でしたが、いくつかの領域では問題が起きました。

重要な遺伝子が並ぶ領域では、コドンを変更すると細菌が正常に成長できないという問題が発生したのです。

この課題を解決するために、研究者たちは新しい工夫を加えました。

問題のある領域の設計を少しずつ変え、どのように変更すれば細菌が正常に成長できるかを徹底的に調べたのです。

例えば、遺伝子の「先頭部分（N末端領域）」は、タンパク質がどれくらいスムーズに作られるかに大きく影響します。

この先頭部分の遺伝情報を注意深く調整しながら、細胞がストレスなく遺伝情報を読み取れるように改良しました。

さらに、遺伝子がオン・オフするスイッチにあたる調節領域（プロモーター）についても慎重に調整を重ねました。

こうした地道な工夫を繰り返すことで、多くの領域で問題が解決できました。