しかし、JFLをたった1年で卒業し、J2昇格を果たしたザスパ草津とは対照的に、アルテ高崎は苦戦を続ける。元FC東京FWアマラオを加入させるなどの補強も行ったが結果には結びつかず、練習環境の劣悪さや慢性的な資金難も明らかになり、Jリーグ加盟も認められなかった。
2011年末、今度は堀越学園の経営悪化による資金難に見舞われ、クラブ存続が困難に。JFLへチームの移管を要望したが移管先企業との交渉は不調に終わり解散となった。2013年にはオーナーだった堀越学園も破産したが、かろうじて下部組織は2012年創設の高崎エヴォリスタFCに承継された。
レイジェンド滋賀（2025年VELAGO生駒にチーム移管）
ホームタウン：滋賀県守山市
現在JFLに属するレイラック滋賀（当時「佐川急便京都サッカー部」）と同じ、2005年に創設された「滋賀FC」が母体のレイジェンド滋賀。当時は滋賀県サッカー協会の後押しもあり、県民からの期待も大きかった。特例措置として、初年度から滋賀県社会人サッカー1部からスタートを切った事実からも伺える。
とんとん拍子で2009年には関西リーグ1部に昇格するが、1年で2部に降格。その後、東レ子会社の東洋実業がスポンサーとなり、FC TOJITSU SHIGAと合併。「TOJITSU滋賀FC」となり一旦Jリーグ入りを諦め企業クラブとして活動するが、2011年、公募によってクラブ名を「レイジェンド滋賀FC」に改称し、再びJリーグ入りを目指した。
しかし時を同じくして東洋実業がスポンサーから撤退してしまう。クラブはMIOびわこ滋賀（後のレイラック滋賀）との合併を模索するが交渉は不調に終わり、独自にJリーグ加盟を目指す方針を示したが、2023シーズンの関西リーグ2位を最高成績とし、翌2024シーズンを最後に奈良県生駒市をホームタウンとする「VELAGO生駒」にトップチームを移管した。現在は下部組織のみで、その名が残されている。
