しかし、既に述べたとおり、本件については、検察の捜査処理が「裏金問題」の実態に沿うものではなかったことから、捜査の結末とそれに伴う課税が、世の中の認識とあまりにも乖離した。法務大臣の下にある法務省の一部局としての同省刑事局が、その役割を十分に果たしたとは思えない。

内閣の一員の法務大臣と「準司法機関たる行政機関」の検察との微妙な関係

国民の代表である国会の信任を得て成立している内閣の一員たる「法務大臣」には、このような検察当局の捜査処理と法務省刑事局の対応が、国民の納得が得られる適切なものとは言い難かったことについて、決して責任がないとは言えないはずだ。

しかし、そこには、法務省に属する行政機関でありながら、日本の刑事司法の中核を担う準司法機関である検察の位置づけ、行政権を担う内閣の一員である法務大臣との関係という微妙な問題がある。

検察権も行政権の一つであり、検察庁も法務省に属する行政組織である。検察権の行使についても、内閣が国会に対して、そして最終的には国民に対して責任を負う。そして、国民を代表する国会で選ばれた内閣の一員として、検察権の行使について責任を負うのが法務省の長たる法務大臣である。

法務大臣と検察官の関係に関しては、検察庁法14条で、法務大臣は、

「検察官を一般に指揮監督することができる。但し、個別の事件の捜査・処分については、大臣は個々の検察官を直接指揮監督することはできず、検事総長に対してのみ指揮を行うことができる」

とされ、個別の事件に関しては、法務大臣の指揮は、検事総長の指揮監督を通してのみ、検察官の個別の刑事事件の捜査・処分に反映させることができるとされている。

内閣の一員である法務大臣は、行政機関たる検察の権限行使にも最終的に責任を負う立場であるが、一方で、検察は、内閣から独立して「法と証拠に基づいて権限行使を行うこと」を使命とし、「権限行使の独立性」が尊重される準司法機関であり、検察の個別事件の捜査・処分に法務大臣が介入することは、極力差し控えるべきとされてきた。