「3つのねつ造」の一つは、検察官調書を「実質的にねつ造」と評価したものである。
裁判所の判断として、取調べの経緯や状況はともかく、一応、検察官に供述した内容を録取し、供述者が署名押印した検察官調書を、「実質的に」とは言え、「ねつ造された」と評価したのは前代未聞である。
一般的に言えば、むしろ、供述者が言ってもいない内容を調書にして署名させるやり方の方が、実質的な「ねつ造」に近いとも言え、実際にそのような供述調書の作成が問題とされた事例は枚挙にいとまがない。
プレサンスコーポレーション事件での大阪高裁の不審判決定等で検察官の不適切な取調べが大きな問題になっていることもあり、検察官調書が「実質的にねつ造された」との事実認定・評価は、今後の検察の実務に大きな影響を生じかねない判示であり、検察として極めて受け入れ難いものではないかと考えられる。
ねつ造その2(5点の衣類)二つ目の「ねつ造」は、村山決定、大善決定においても可能性を指摘されていた、捜査機関による「5点の衣類」の証拠ねつ造である。
確定判決においては「5点の衣類」が、犯人が犯行直後に味噌樽に隠した「犯人の着衣」とされていたが、再審請求審においては、その点に合理的な疑いを生じさせた「味噌漬け実験報告書」が、「無罪を言い渡すべき新たな証拠」とされ、そこから、論理必然的に、「5点の衣類」は、犯行直後ではなく、発見から近接した時期に味噌タンクに隠したことになり、それを行うとすれば捜査機関の可能性が高いとされ、間接に捜査機関によるねつ造の可能性が指摘されていた。
しかし、再審公判では、再審請求審のように「無罪を言い渡すべき新規・明白な証拠」に該当するかどうかを判断するのではなく、通常の刑事裁判と同様に、公訴事実が証拠によって認定できるかどうかを判断することになる。
その事実認定において、検察官が、改めて被告人の犯人性の最大の根拠として主張した「5点の衣類」について、誰が何の目的で味噌タンクの中に隠したのかについても、採用した証拠に基づく事実認定をせざるを得ない。それについて、再審判決は、「本件犯行とは無関係に、捜査機関によって血痕を付けるなどの加工がされ、1号タンク内に隠匿されたもの」との積極的な事実認定を行ったのである。