崇神天皇が災害の要因を占っていたところ、三輪山の大物主神が倭迹迹日百襲姫命に憑依して自分を祀るよう要求しました。さらに大物主神は崇神天皇の夢の中にも登場し、自分の子の大田田根子（意富多多泥古命＝オオタタネコ）に自分を祀らせるよう神託しました（日本書紀）。

またこのとき、朝日が向かい夕陽が隠れるところである龍田にも祀るよう神託しました（延喜式・龍田風神祭祝詞）。これが南北に連なる生駒山系の東側の麓に位置する龍田大社です。檜原神社と龍田大社は、出雲と三輪山を結ぶ線上に正確に位置しています。

なお、日本書紀では大田田根子による祭祀により疫病と凶作は収まったとされています。倭迹迹日百襲姫命は大物主神の妻となりますが、いずれ関係は破局し、箸で陰部をついて亡くなります。この倭迹迹日百襲姫命の墓所とされるのが箸墓古墳です。

箸墓古墳は厳密に立秋の日出方位を遥拝するようレイアウトされています。但し、その方位に存在するのは、三輪山ではなく穴師山です。また、宮内庁に崇神天皇陵と比定されている行燈山古墳（4世紀前半）も厳密に冬至の日出方位を遥拝するようレイアウトされており、その先には穴師山が存在します。このことから当時、三輪山だけでなく穴師山を磐座とする信仰が存在したことが伺えます。

ちなみに崇神天皇の次代の垂仁天皇が、出雲から呼び寄せた力士である野見宿祢が最初の相撲をとって勝利したとされる地（相撲神社）もこの線上付近に存在します。

さらにこの地において、箸墓古墳・行燈山古墳と並ぶ規模を持ち宮内庁に景行天皇陵と比定されている前方後円墳の渋谷向山古墳（4世紀後半）は、厳密に立秋の日出方位を遥拝するようレイアウトされ、その先には龍王山が存在します。同じ方位の長軸を持つ纏向矢塚古墳も纏向勝山古墳もこの線上付近に存在するため、龍王山も磐座として古くからの信仰対象であったものと考えられます。

この他、三輪山自体を神体として大物主神を祀る神奈備方式の大神神社（おおみわじんじゃ）の拝殿は、夏至の日出方位に三輪山を遥拝する位置に存在します。ただし、この拝殿がいつ創建されたかは不明です。