研究チームはまず、自由に動き回るマウスの脳内でリアルタイムにエングラム細胞の活動を観察することにしました。
脳の記憶中枢である海馬（かいば）のCA1領域に微小レンズを挿入し、遺伝子改変で蛍光タンパク質を組み込んだマウスを用いることで、どの神経細胞が活動しているかを光で可視化できるようにしたのです。
これにより、マウスが新しい環境を探索している最中や、その前後の睡眠中に、海馬のどの細胞が活動しているか（エングラム細胞かどうか）を詳細に記録することが可能になりました。
具体的には、マウスに2日間にわたる体験をさせ、その合間の睡眠中の脳活動を観察しました。
1日目、マウスをまったく初めて見る環境A（例えば円形の部屋）に入れて自由に探索させます（「経験A」）。
その直前と直後にはマウスは睡眠をとっており、研究者たちはその間の脳内活動も記録しました。
翌日2日目、マウスはまず再び環境Aに入ります（前日の記憶を想起する状況）。
続いて、形や匂いの異なる新しい環境B（例えば四角い部屋）を探索させました。
こうして「睡眠 → 経験A（環境A探索） → 睡眠 → 環境A再訪 → 経験B（環境B探索）」という一連のセッションで、海馬CA1中の数百個におよぶ細胞活動データが得られました。
研究チームはこの膨大なデータを解析し、どの細胞群がどのセッションでまとまって活動したか（すなわち細胞集団活動パターン）を抽出しました。
その結果、非常に興味深い事実が次々に明らかになりました。
