ふるさと納税による減収は、地方交付税や臨財債で補填される仕組みがあります。破産制度もなく、国が財政を保証しているので、自治体が個別に対応する必要ははありません。ただし、東京23区には補填がなく、自主的な対応が求められています。

自治体自身も問題を抱えています。岡山県吉備中央町が、ふるさと納税の指定取消後も返礼率約6割のコメを送ろうとしており、制度上限を大幅に超える違法・不適切な対応と批判されています。制度の公平性や個人情報の扱いにも問題があり、住民監査や第三者の検証が求められています。