6月9日には、2022シーズンから左SB（サイドバック）として活躍していたDF永戸勝也のヴィッセル神戸移籍が発表された。今シーズンここまで17試合に出場しており、出場機会を求めた移籍では無い。永戸は在籍した約3年半でJ1優勝（2022）をもたらし、個人としても2年連続でJリーグ優秀選手賞（2022、2023）を受賞するなど、チームに欠かせない1ピースだったのは間違いない。
公式HPには、チームを離れるにあたり「2022シーズンのJ1リーグ優勝、そしてACLを含め、皆さんと共に戦えた日々は僕にとって忘れられない時間となりました」との言葉が綴られている。
5.天皇杯で3カテゴリー下の青森に敗北
6月11日にニッパツ三ツ沢球技場（神奈川県）で行われた天皇杯（JFA第105回全日本サッカー選手権大会）の2回戦で、横浜FMは日本フットボールリーグ（JFL）のラインメール青森に0-2で敗れ、3カテゴリー下のクラブにジャイアントキリングを喫した。
JFLの首位を走る青森の守護神は、FC東京でのプレー経験を持つGK廣末陸。前半35分に廣末のロングキックからPA内でDFサンディ・ウォルシュのファウルを誘い、青森がPKを獲得。このチャンスを廣末に決められ先制点を献上してしまう。さらに前半アディショナルタイムにも追加点を許し0-2で折り返す。後がなくなった横浜FMは、後半から3枚替えを敢行するが、最後まで青森の牙城は厚く万事休す。試合後、横浜FMサポーターの大ブーイングがスタジアムを包んだ。
6.リーグ下位同士の直接対決に敗れる
横浜FMは、6月15日にデンカビックスワンスタジアム（新潟県）で行われたJ1第20節でアルビレックス新潟と対戦し0-1で敗れた。下位2チームの直接対決、いわゆる”6ポイントマッチ”となったこのゲームでは、アウェイの横浜FMが落ち着いた試合運びで先制点を狙うもゴールは奪えず、スコアレスで前半を折り返した。後半立ち上がりも同様の展開が続いたが、均衡を破ったのはホームの新潟だった。
