城に建てられている建物の多くは、軍事施設を建てるために取り壊されました。
たとえば名古屋城（愛知県名古屋市）では二の丸御殿や櫓、門が解体され、歩兵連隊の兵舎や練兵場が建設されたのです。仙台城（宮城県仙台市）では本丸御殿が取り壊され、石材が他の営所建築に転用されました。
また国宝として知られている姫路城（兵庫県姫路市）は一旦存城となったものの競売にかけられ、23円50銭（換算方法で差があるが現在の価値で大体10万円）で落札されました。
なお購入したのは姫路の商人で姫路城の建材（瓦や釘、木材など）を転売・再利用する目的だったといいますが、サイズが大きすぎて城の瓦を一般家屋に流用することが難しく、また莫大な解体費用がかかるということもあり、購入後結局その権利を放棄しました。
その後姫路城は陸軍の手に戻り、城の敷地内には軍事施設が多く建てられたものの天守はほとんど手入れされず、そのこともあって天守の腐敗が進んできました。
その状況を見かねた軍人の中村進一郎（なかむらしんいちろう）は政府に請願し、1879年（明治12年）に姫路城は先述した名古屋城とともに保存されることが決定します。
しかし肝心の修復の工事はなかなか進まず、修復工事が本格的に始まるのは1910年（明治43年）まで待たなければならなかったのです。
彦根城（滋賀県彦根市）も姫路城と同じく一旦は存城となったものの、老朽化を理由に競売にかけられ、破却の危機にありました。
しかし大隈重信の説得により、城の保存が決まったのです。
最終的に陸軍から皇室付属地彦根御料所（こうしつふぞくちひこのごりょうしょ、皇室の直轄地）になった上で、天皇からかつての藩主の井伊直憲（いいなおのり）に下賜され、彦根城は井伊家によって管理されることになりました。
