その歴史は古く、1964年に結成された「横浜・中区スポーツ少年団」をルーツとしている。しかし、プロ化を見据えたサッカークラブへの変革を目指して全日空が資本参加し、1984年、JSL（日本サッカーリーグ）1部へ昇格。それと同時にクラブは全日空の完全子会社「全日空スポーツ」が運営する「全日空横浜サッカークラブ」となる。
しかし1986年、設立当初の理念である「地域に根ざしたクラブ」を無視した企業スポーツとしてのクラブ運営に疑問を持った選手が、OBやスタッフと共謀する形で前代未聞のリーグ戦ボイコット事件を起こした。（1986年3月22日、西が丘サッカー場でのJSL第22節三菱重工戦でクラブ運営に不満を抱いていた選手6名が試合をボイコットし、当該選手は無期限登録停止、クラブにも翌シーズンのJSLカップを含む3か月間の公式戦出場停止の処分）
その末、1986年9月に新設されたのが「横浜スポーツクラブ」であり、YS横浜は現在でもこの年を設立年度としている。1987年には「横浜サッカー＆カルチャークラブ」に改称。翌1988年、神奈川県リーグ3部からスタートし2年連続で昇格し、1990年には1部に。2002年には運営母体をNPO法人化、クラブ名も現在の「横浜スポーツ＆カルチャークラブ」となる。
2003年、関東リーグが2部制を導入したことによって、関東リーグ2部に参入したYS横浜。2年目の2004年に2部2位となり、1部に昇格。2006年には1部で初優勝を果たした。2011年、関東リーグ1部で4度目の優勝を果たし、全国地域サッカーリーグ決勝大会（地域CL）で4回目の挑戦の末に初優勝、JFL昇格を果たした。
Jリーグへ参入してから
2013年、翌シーズンからのJ3創設が発表されると、YS横浜はJリーグ参入へと方針転換する。ホームスタジアムを三ツ沢球技場とし、Jリーグへの入会が承認されJ3へ参入した。“J3オリジナル11（参加12チームのうち特別枠の「Jリーグ・アンダー22選抜」を除いたもの）”の1つに数えられている。
