全国健康保険協会（協会けんぽ）でマイナンバーと医療保険情報の紐づけができていない、とメディアに取り上げられている。その数は約40万人と協会けんぽ加入者の約1％にあたる。

そもそも、マイナンバーは民主党政権誕生のきっかけとなった2007年の「失われた年金問題」が発端である。それまで年金制度ごとに異なる番号で管理していた年金記録を基礎年金番号に統合した際に、統合されないで宙に浮いた記録が5,095万件もあるとわかった。2013年までに2961万件は統合されたが、残り2134万件は解決できなかった。毎月保険料を払ってきたのに年金額に反映されないから「失われた」と呼ばれた。

年金問題で学んだのは、氏名・住所・生年月日・性別の四情報では、記録の完全な統合はできないということである。そこで、一人ひとりに唯一無二の番号、つまりマイナンバーを与えようということになった。そして、民主党政権の提案を丸呑みして、自民党政権で2015年にマイナンバー制度がスタートしたのである。