文部科学省は、財務省の主張に一部理解を示しつつも、定員割れや基礎的な授業のある大学でも教育の質が低いとは限らないと反論しました。また、学力の伸びや就職実績なども評価に含めるべきだとしています。

文科省 Wikipediaより

ただし、大学の数を増やしすぎた一方で、十分な公的予算を確保できず、学費の引き上げで対応してきた結果、学生の負担が重くなり、文科省の官僚以外誰も得をしていない状況になっているとの指摘も多く聞かれます。