水戸の歴史を紐解くと、その誕生は1994年に遡る。1994年に創設の市民クラブ「FC水戸」と、1997年に旧JFL昇格が決定していたものの廃部した「プリマハム土浦FC」が合併して現在の体制が固まったクラブだ。
1999年、J1参入決定戦で敗れた2クラブ（川崎フロンターレ、北海道コンサドーレ札幌）と、1998年のJFL参加クラブのうちJリーグ入りを希望していた8クラブ（ベガルタ仙台、モンテディオ山形、大宮アルディージャ、FC東京、ヴァンフォーレ甲府、アルビレックス新潟、サガン鳥栖、大分トリニータ）の計10クラブによって発足したJ2に、翌2000年、現在のJFLにおいて年間3位で昇格している。
以来、水戸は四半世紀に渡りJ1に昇格することはできていない。幾度にも上る経営危機や、2011年の東日本大震災による本拠地・ケーズデンキスタジアム水戸の被災。さらには2019年には11年間にもわたるクラブスタッフへの残業代未払いの発覚など、“J史上最貧クラブ”という有り難くないレッテルを貼られた過去もある。
2014年に創設されたJ3への降格も“時間の問題”といわれていたが、この頃から、地道な努力が実を結び、自治体からのバックアップも受けながら経営が好転し始める。観客動員も増加の一途を辿り、新型コロナのあおりを受けながらも何とか持ちこたえ、2023年度（2023年2月1日～2024年1月31日）の営業収入は約11億円を計上し、過去最高を更新。純利益でも堂々の2期連続黒字経営だ。
戦力的には、J1クラブから戦力外になった選手や若手のレンタル選手が中心で、毎年のように多くに選手が入れ替わりながらも安定的な成績を残し続け、ピッチ内外において、とにかく「堅実」という言葉がピッタリのチーム運営・経営を貫き通している。
今季も一時期、9試合（3月2日の第2節甲府から4月13日第10節栃木SC戦まで）勝利がなく、J3降格圏に順位を落としていたが、気が付けば第34節終了時点で18位の栃木SCと勝ち点差9（15位）をつけ、残留をほぼ確実にしている。
